Universitetit të Gjakovës i është refuzuar akreditimi në tetë programe, gjithsej sa kanë qenë në proces të akreditimit. Gjuhë dhe Letërsi Gjermane, Edukim në Fëmijërinë e Hershme, Fizio-terapi, Bio-teknologji, Pylltari, Marrëdhënie Ndërkombëtare dhe Integrime Evropiane, Administratë Publike, Shkenca Politike, janë programet në bachelor që nuk janë akredituar për këtë Universitet nga Këshilli Shtetëror i Cilësisë në Agjensinë e Kosovës për Akreditim.

Lidhur me këtë, krerët e Universitetit të Gjakovës paralajmërojnë ankesë ndaj Agjensisë së Kosovës për Akreditim për mosakreditim të disa prej programeve të reja.

Rektori i Universitetit të Gjakovës, Hasan Mujaj, ka thënë se ky vendim i Agjensisë së Kosovës për Akreditim, i cili ende nuk i është dorëzuar zyrtarisht Universitetit, e ka befasuar vetë atë, stafin akademik dhe bordin e këtij Universiteti.